مناخ وادي الأردن بسبب الارتفاع المنخفض يكون وادي الأردن معتدلاً جدًا في الشتاء وحارًا حارًا في الصيف، ولكن في حين أنّ نمط هطول الأمطار في الشمال يكاد يكون متوسطيًا مثل نمط عمان، مع هطول أمطار في الفترة من نوفمبر إلى أبريل والتي تصل إلى حوالي 300 مم 12 بوصة في السنة، في اتجاه الجنوب يصبح أكثر جفافاً تدريجياً، والمناخ صحراوي بالفعل في منطقة البحر الميت البحيرة المالحة التي تقع ضفافها في منخفض عميق، على ارتفاع 400 متر 1300 قدم تحت مستوى سطح البحر، والتي تفقد معظم مياهها على الفور بسبب التبخر القوي، وفي منطقة البحر الميت يسقط ما يزيد قليلاً عن 100 مم 4 بوصات من الأمطار سنويًا.
يوضح الرسم البياني العلوي الانحراف في درجة الحرارة لكل شهر منذ عام 1979 حتى الآن.