عمل في الجامعة الإسلامية منذ عام 1397هـ، فدرس التوحيد والفقه في كلية الشريعة، كما درَّس في كلية الحديث وكلية الدعوة وأصول الدين، ودرس المذاهب بقسم الدراسات العليا، وهو عند تاريخ إعداد هذه الترجمة 1418هـ يقوم بتدريس القراءات بكلية القرآن الكريم ـ قسم القراءات.
بعد أن حصل السيخ علي الحذيفي على درجة الماجستير من جامعة الأزهر سنة 1395هـ، ثم على الدكتوراه من نفس الجامعة إنتقل إلى مهنة التدريس في الجامعة الإسلامية.