ومن التحديات التي تهدف الهيئة إلى التغلب عليها خلال المنصة: ضعف جودة تنفيذ المشاريع، والصعوبة في الحصول على الاستشارة والإرشاد اللازم في المجالات الإدارية والفنية ومجال البناء، وارتفاع تكلفة استشارة الخبراء والمختصين، بالإضافة إلى ضعف المهارات الإدارية والفنية اللازمة لتأسيس الشركات، ونقص الكفاءات في إدارة وتنفيذ المشاريع، وضعف البنية التقنية والتحتية لمنشآت القطاع وغيرها من التحديات.
التكاليف لا يتم احتسابها إلى بعد حصول المقاول على ترشيح من قبل العميل، علماً بأن تكلفة الترشيح يتم استعراضها للمقاول قبل تقديمه للعرض ليوافق عليها حيث تختلف هذه التكلفة كل مرّة حسب معطيات مختلفة منها تصنيف العمل الذي طلبه العميل.