الآية الثانية في الآية الثانية من السورة قال الله تعالى: مِن شَرِّ مَا خَلَقَ ، والمُراد الاستعاذة بالله من شرّ كلّ مخلوق فيه شرّ، ويدلّ على هذا المعنى قول الرسول صلّى الله عليه وسلّم: أعوذ بك من شرِّ كلِّ دابةٍ أنت آخذٌ بناصيتِها ، وليس المقصود الاستعاذة من شرّ كلّ مخلوقات الله تعالى، بل من شرّ كلّ مخلوق فيه شرّ.
تفسير سورة الفلق يقول الله سبحانه وتعالى لنبيه يا محمد استعن بالله و اعتصم به هو الذي خلق الصبح ، و استعن بالله واعتصم به من شر المخلوقات التي هي مخلوقات الله مهما كانت قوتها فهي أضعف ما يكون أمام رب العالمين ،والاستعاذة أيضا بالله من شر الليل وما فيه ، ومن شر السحرة والعرافين الذين ينفثون في العقد ، واستعن بالله يا محمد أنت وأمتك من شر الحسد ومن شر أهله.
أسباب نزول سورة الفلق قال العلماء في أسباب نزول السورة ، أن الرسول صلى الله عليه وسلم كان عنده غلام يخدمه ، وكان اليهود يفاوضونه على أخذ مشاطة النبي ، حتى وافق الغلام وأعطاهم إياها، سحروا النبي صلى الله عليه وسلم ، والذي فعلها هو لبيد بن أعصم اليهودي ، وشعر النبي صلى الله عليه وسلم بعوارض في جسده و مرض ، وأتاه في نومه ملكان فأخبرانه بما فعله معه اليهود من سحر فخرج الصحابة يبحثون عن سحر اليهود ، ولما وجدوه كان فيه إحدى عشر عقدة ، وأنزل الله على نبيه سورتي الفلق والناس فكان كلما قرأ أية تنحل عقدة حتى انتهى من اخر اية مع آخر عقدة ، فعاد النبي لحالة من الصحة.
ثم خصص من بعض ما خلق أصنافا يكثر وقوع الأذى منهم فطلب إليه التعوذ من شرهم ودفع أذاهم، وهو الليل إذا كان حالك الظلام، والنفاثات في العقد، والحاسد.